Three men and a woman crash-land in a deep crater in Antarctica, where they find a prehistoric world.
某座住宅区，负责公寓内各项维修事务的菲恩（Matt O'Leary 饰）和约瑟（George Finn 饰）是一对穷的叮当响的好基友。某天菲恩的女友凯莉（Danielle Panabaker 饰）来到他们的住处，当得知住在隔壁的贝先生已经很长时间没走出房门时，凯莉自告奋勇上门查看，结果却一脸错愕地回到二人面前。原来贝先生早已不见踪影，房间内一面墙贴满了以三个人为对象的拍立得照片，窗口则有一台奇怪的机器正对着菲恩和约瑟的房间。不久后他们发现，那台机器竟是可以拍摄到未来情景的照相机。他们发现了贝先生的尸体，然而因为照相机的原因秘藏了此事。 无意间拥有了窥视未来的手段，年轻人们的心不知不觉躁动起来……
这部拍摄于1989年版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集，影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔，当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰），由巴托工业的老总巴托先生（约翰·盖兹 John Getz饰）抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动，表面上把马丁视如己出，实则却把他当作研究对象，暗地里用摄像机记录下他所有的生活过程，让马丁研究他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气，无异于常人，除了的惊人的生长速度和超人的天资才能。不久，马丁就与美丽的贝斯·洛根（达芙妮·祖尼加 Daphne Zuniga饰）坠入爱河。可隐藏在马丁体内的变异染色体突然苏醒，等待马丁的是变成下一个“苍蝇人”的恐怖噩耗。
梅格（斯托姆·里德 Storm Reid 饰）是一位平凡的10岁女孩，身形瘦小性格腼腆的她在学校里常常受到其他同学的欺负，这让她感到非常的苦恼。实际上，梅格拥有一对了不起的父母，他们两人都是世界知名的物理学家，梅格继承了他们优秀的基因，只是现在这基因还没有启动。 在一次冒险中，梅格的父亲失踪了，这给梅格带来了很大的打击。梅格的弟弟查尔斯（德里克·麦凯布 Deric McCabe 饰）不忍心看见姐姐闷闷不乐的样子，于是召唤出了命运三女神。她们告诉了梅格关于她父亲下落的线索，于是，梅格决定带着弟弟，以及一位暗恋着她的同班同学卡尔文（莱维·米勒 Levi Miller 饰）一起踏上了寻父之旅。
在世界几乎完全被环境灾难淹没和污染之后，只有一小部分人类能够逃到太空殖民地开普勒星球寻求救赎。在太空中度过多年后，开普勒星球面临着威胁人类的危险，太空辐射诱发了人类不育危机。为了应对这个危机，由精英宇航员布莱克领导的载人飞行任务派人去探寻地球是否能再次居住的可能性，以及人类是否还有任何延续的希望。回到地球后，布莱克震惊地发现被他们抛弃的地球上还有一群名为泥泞的幸存人类一直生活着，他们在万难的环境中幸免于难。当她试图在开普勒星球上与她的人联系时，地球却又开始发生变化……
