太阳党是一个恐怖组织，其首领救世主（林国斌 饰）善于开发战争机器人，他和女友玛利亚（叶倩文 饰）经常利用自己开发的机器人“先锋一号”大肆破坏。由于“先锋一号”威力强大，警方也常常束手无策。小徐原是英雄党的一分子，后来对自己团伙的所作所为深感不满而在师傅的担保下脱离了该组织。一次小徐在酒吧偶遇了专为警方开发战争机器人的专家阿毛（岑建勋 饰），两人一见如故，成为了好朋友。岂料太阳党因此怀疑小徐出卖了自己，因此派出新研制的机器人——外形和玛利亚一模一样的“先锋二号”追杀小徐；更糟糕的是，警方亦因此怀疑阿毛出卖了政府，因而同时派人前来捉捕他们。一对好兄弟，能否逃出生天？
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正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。 另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。 真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的THE ONE重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被THE ONE取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与THE ONE的决战之火开始燃烧了！
黑洞第三行星的人对机械哥吉拉进行改良，并且拉拢一位天才科学家真船信三博士，控制恐龙型怪兽泰坦龙来一起毁灭地球，国际刑警组织和哥吉拉将如何对付这个强大的邪恶军团？
