上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
户部尚书叶庭遭人构陷，被诬私贪国库银两，身陷囹圄在即，叶庭急召其子叶护相见。叶护心知父亲蒙冤，却无力翻案，只得冒险护送父亲逃亡。途中一行人遭都尉率人追杀，为保父亲平安出城，叶护假扮都尉掩人耳目。历经几番波折，父亲的沉冤终得渐次昭雪。
