神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
天赋平平的宣起，原本只是个神通榜上没有排名的神通者，人生理想只是在这一方天地中，安全第一地苟到最后。然而一次外出，他恰好撞见倾城女帝和上古魔物的激战，遭受池鱼之殃。危急时刻，宣起竟然开启了“天秀”系统，获得了“只要展现绝世高手风范，就能不断获得仰望值”的能力。此后，宣起误打误撞，不得不以“神皇转世”的身份登场，看似轻而易举地斩杀上古魔物，更连续击败异魔道高手，从此一朝成名天下知，受到整个大胜神州的敬仰。更神奇的是，他的一言一行总是被误会成大有深意，无数神通者视他若神明，而他也被异魔道当成了心腹大患。
大赛失利后，被迫放弃职业道路的张若饴重回校园。陌生的环境里，曾经让她陷入阴影的乒乓，反而成为了劈开迷茫的一道光——球台上，她结识队友；赛场外，她收获友情。这一次，少女决定，用尽全力，挥拍击向未来。
创始之初，混沌侵袭，凡是在这无极世界当中诞生的生命，都会被悄无声息地种下一丝混沌之力，以便在成熟时收割。绝天通为了对抗混沌，收下了他的第一个徒弟徐阴，可是被他寄予厚望的徐阴却背叛了他。千万年后，徐阳掌。
