故事讲述了被分到问题学生云集的D班的绫小路清隆和他的同学们在学校里挣扎求生的故事。在TV动画第四季《欢迎来到实力至上主义教室 第四季：二年级第一学期》中，春假过后，绫小路和轻井泽成为了情侣，而堀北也不再崇拜她才华横溢的哥哥岳。随着他们关系的逐渐变化，他们也升入了二年级。绫小路和其他二年级新生即将迎来他们的第一场特殊考试——笔试，他们将与一年级新生搭档。然而，一年级新生中竟潜伏着月城从白屋派来的刺客。这种跨越年级界限的全新关系，究竟会带来风暴还是平静？校园生活的第二年就此拉开帷幕。
就职于童守町小学的鵺野鸣介虽然外表平平，实际却有着非同寻常的经历。他在小学时曾被魔物侵染，其具有灵力的女老师牺牲自己将魔物封印在鸣介的左手之中，成为名副其实的“鬼手”。鬼手如同除灵师的凭神一样，既可与灵体沟通，又能完成各种离奇的除灵工作。童守町历来就流传着许多灵异传闻，起初不被学生信任的鸣介在一次次除灵工作之后和学生们建立起深厚的感情。在这一过程中，他也结识许多来自不同世界的伙伴：温柔可爱的雪女、冷酷无情的妖狐玉藻等，都给鸣介和学生们的生活中留下无限惊险和刺激……
