解开封印的绝世王者古玄尘，终于踏上了修行之途，在不断修炼变强的途中，他也了解到自己真正的身世，面对残酷的真相，古玄尘并不怨天尤人，他只愿以手中剑破除世间一切不公不义！他来到更广阔的世界，面对更强的敌人，演绎更辉煌的热血传奇！
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
创始之初，混沌侵袭，凡是在这无极世界当中诞生的生命，都会被悄无声息地种下一丝混沌之力，以便在成熟时收割。绝天通为了对抗混沌，收下了他的第一个徒弟徐阴，可是被他寄予厚望的徐阴却背叛了他。千万年后，徐阳掌。
本剧讲述超级飞侠与超级宠物们乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在冰岛海域，他们通过声波探测设备，帮助海豚宝宝找到了海豚妈妈；在喜马拉雅山脉附近，他们把快要滚下山坡的小男孩基玛和爸爸以及巨雪人宝宝安全救下。尽管困难不断，但超级飞侠和超级宠物们每次都会带着炫酷的装备，圆满地解决问题。
本季围绕王者大陆中的长安城，从新人云缨加入大理寺开始，她与李元芳携手执行任务，逐步揭开尧天组织的神秘面纱。尽管大理寺与尧天组织的成员们分属不同阵营，但他们都在以⾃⼰的⽅式守护着长安，追求着⼼中的正义。
